国立大学法人等文部科学省関係機関（含む文化庁）
国立大学・短期大学等
関東・甲信越地区
東海・北陸・近畿地区
国立高等専門学校等
北海道・東北地区
関東・甲信越地区
東海・北陸・近畿地区
中国・四国地区
九州地区
国立研究所・センター等
- 国立教育政策研究所
- 国立特別支援教育総合研究所
- 日本学士院
- 国立女性教育会館
- 国立国語研究所
- 東京文化財研究所
- 奈良文化財研究所
- 日本芸術院
- 高エネルギー加速器研究機構
- 国文学研究資料館
- 国立極地研究所
- 宇宙航空研究開発機構
- 国立遺伝学研究所
- 統計数理研究所
- 国際日本文化研究センター
- 国立天文台
- 核融合科学研究所
- 自然科学研究機構
- 国立情報学研究所
- 大学入試センター
- 独立行政法人 大学改革支援・学位授与機構
国立博物館・美術館
国立青少年教育施設
- 国立オリンピック記念青少年総合センター
- 国立花山青少年自然の家・南蔵王野営場
- 国立中央青少年交流の家
- 国立淡路青少年交流の家
- 国立那須甲子青少年自然の家
- 国立妙高青少年自然の家
- 独立行政法人 国立青少年教育振興機構
（旧）国立青年の家
- 国立大雪青少年交流の家
- 国立岩手山青少年交流の家
- 国立磐梯青少年交流の家
- 国立赤城青少年交流の家
- 国立中央青少年交流の家
- 国立能登青少年交流の家
- 国立乗鞍青少年交流の家
- 国立淡路青少年交流の家
- 国立三瓶青少年交流の家
- 国立江田島青少年交流の家
- 国立大洲青少年交流の家
- 国立阿蘇青少年交流の家
- 国立沖縄青少年交流の家
（旧）国立少年自然の家
- 国立日高青少年自然の家
- 国立花山青少年自然の家
- 国立那須甲子青少年自然の家
- 国立妙高少年自然の家
- 国立信州高遠青少年自然の家
- 国立立山青少年自然の家
- 国立曽爾青少年自然の家
- 国立若狭湾青少年自然の家
- 国立吉備青少年自然の家
- 国立室戸青少年自然の家
- 国立山口徳地青少年自然の家
- 国立夜須高原青少年自然の家
- 国立諫早青少年自然の家
- 国立大隅青少年自然の家