平成１６年４月から，本学は国立大学法人として『国立大学法人小樽商科大学』となりました。
法人組織として大学運営の責任主体となる役員会が設置され，その構成員は，学長と学内理事２名及び学外理事（非常勤）の計４名で構成されております。また，この他に，学外監事（非常勤）２名が大学の会計及び業務を監査します。そして，法人の経営に関する重要事項を審議する機関として，委員の半数以上が学外者で構成される経営協議会を設置しております。
| 学長 |
和田 健夫 （わだ たてお） |
【任期】 |
| 平成30年４月１日～平成32年３月31日 | ||
| 【略歴】 | ||
| 昭和55年４月 小樽商科大学商学部講師 | ||
| 昭和56年10月 小樽商科大学商学部助教授 | ||
| 平成３年10月 小樽商科大学商学部教授 | ||
| 平成13年４月 小樽商科大学副学長 | ||
| 平成16年４月 国立大学法人小樽商科大学理事・副学長 | ||
| 平成26年４月 国立大学法人小樽商科大学学長 | ||
| （平成30年３月まで） |
|
理事 （総務・財務担当副学長） |
江頭 進 （えがしら すすむ） |
【任期】 |
| 平成30年４月１日～平成32年３月31日 | ||
| 【略歴】 | ||
| 平成９年４月 小樽商科大学商学部助教授 | ||
| 平成19年10月 小樽商科大学商学部教授 | ||
| 平成22年４月 小樽商科大学商学部経済学科長 | ||
| 平成24年４月 小樽商科大学学長特別補佐 | ||
| 平成28年４月 国立大学法人小樽商科大学理事・副学長 | ||
| （平成30年３月まで） | ||
| 【選任理由】 | ||
| 教育研究，大学業務に精通 | ||
| 【担当職務】 | ||
| 学術研究，大学院教育，人事・労務，予算・決算，財務会計，外部資金の受入れ，国際交流，産学連携，地域貢献，広報，男女共同参画，その他関係職務 |
|
理事 （教育担当副学長） |
鈴木 将史 （すずき まさふみ） |
【任期】 |
| 平成30年４月１日～平成32年３月31日 | ||
| 【略歴】 | ||
| 平成元年４月 広島大学文学部助手 | ||
| 平成３年４月 小樽商科大学商学部講師 | ||
| 平成３年10月 小樽商科大学言語センター助教授 | ||
| 平成14年10月 小樽商科大学言語センター教授 | ||
| 平成22年４月 小樽商科大学言語センター長 | ||
| 平成26年４月 国立大学法人小樽商科大学理事・副学長 | ||
| （平成30年３月まで） | ||
| 【選任理由】 | ||
| 教育研究，大学業務に精通 | ||
| 【担当職務】 | ||
| 学部教育，入試，学生（休学，退学，処分，支援，相談，就職），留学生の受け入れ・海外交流校派遣，生涯教育，その他関係職務 |
| 理事（非常勤） |
海老名 誠 （えびな まこと） |
【任期】 |
| 平成30年４月１日～平成32年３月31日 | ||
| 【略歴】 | ||
| 平成３年８月 株式会社富士銀行目黒支店長 | ||
| 平成５年６月 株式会社富士総合研究所国際調査部長 | ||
| 平成12年６月 株式会社富士総合研究所理事 | ||
| 平成14年10月 みずほ総合研究所株式会社理事 | ||
| 平成16年４月 小樽商科大学ビジネス創造センター教授 | ||
| 平成18年４月 小樽商科大学ビジネス創造センター長 | ||
| 平成21年４月 小樽商科大学ビジネス創造センター特任教授 | ||
| 平成23年４月 小樽商科大学特認教授 | ||
| 平成24年４月 国立大学法人小樽商科大学理事（非常勤） | ||
| （平成30年３月まで） | ||
| 【選任理由】 | ||
| 経営，大学業務に精通 | ||
| 【担当職務】 | ||
| 社会連携関係，その他関係職務 |
| 監事（業務担当） |
石橋 憲一 （いしばし けんいち） |
【任期】 |
| 平成28年４月１日～平成32年８月31日 | ||
| 【略歴】 | ||
| 昭和42年４月 帯広畜産大学畜産学部助手 | ||
| 昭和53年４月 帯広畜産大学畜産学部講師 | ||
| 昭和55年４月 帯広畜産大学畜産学部助教授 | ||
| 平成９年10月 帯広畜産大学畜産学部教授 | ||
| 平成16年２月 帯広畜産大学副学長 | ||
| 平成16年４月 国立大学法人帯広畜産大学理事・副学長 | ||
| 平成20年１月 帯広畜産大学名誉教授 | ||
| 平成23年６月 国立大学法人小樽商科大学監事 | ||
| （平成28年３月まで） | ||
| 【選任理由】 | ||
| 大学業務に精通 |
| 監事（会計担当） |
小嶋 京子 （こじま きょうこ） |
【任期】 |
| 平成28年４月１日～平成32年８月31日 | ||
| 【略歴】 | ||
| 平成６年10月 中央監査法人（合併により中央青山監査法人） | ||
| 平成13年５月 プライスウォーターハウスクーパース香港事務所 | ||
| 平成17年１月 有限会社セントラルマネージメントサービス | ||
| 平成18年１月 税理士法人セントラル社員税理士（現在に至る） | ||
| 平成18年１月 小嶋公認会計士事務所所長（現在に至る） | ||
| 平成28年４月 国立大学法人小樽商科大学監事 | ||
| 【選任理由】 | ||
| 会計業務に精通 |
学外委員 上林 猛
元小樽市教育長であり，かつ前小樽市副市長としての経験から，本学の経営に対して適切な提言をいただくこととした。
学外委員 榊原 清則
現職が中央大学大学院戦略経営研究科教授であり，ロンドンビジネススクール及び私立大学での教職経験を生かし，本学の経営に対して適切な提言をいただくこととした。
学外委員 佐藤 一彦
前室蘭工業大学長であり，大学経営の経験を生かし，本学の経営に対して適切な提言をいただくこととした。
学外委員 杉江 俊太郎
学外委員 福田 恭一
会社役員の経験を生かし，かつ公益社団法人緑丘会副理事長としての経験から，本学の経営に対して適切な提言をいただくこととした。
学外委員 舟本 秀男
現在，株式会社財界さっぽろの代表取締役社長であり，報道における知識及び経験を生かし，本学の経営に対して適切な提言をいただくこととした。
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